イスラーム・中東研究部門は2017年度に東洋思想研究所主催の研究会として発足したが、これは研究部門長が早稲田大学で活動した研究組織を発展させたものである。イスラームの前身文明からの長い歴史を視野に入れつつ、通信機器の発達によって、かつてない規模で異文化同士の接続が行われている現代社会までを扱い、イスラームがいかに情報・技術の先端的世界を形成してきたか、また未来の文明形成にいかに重要な鍵となるかを考えることをテーマにした組織であった。
このたびのイスラーム・中東研究部門は、それをさらに発展させたものである。

イスラーム・中東研究会は、年間のテーマを設定し、年度内に2～3回の研究発表会を行うものである。これまでのテーマは、イスラームと自然環境(2017)・イスラームと科学(2018)・イスラーム世界の開発と保存(2019)・イスラームの相互扶助(2020)・イスラームのはじまり(2021)、ギリシア的知の財産とイスラム科学(2022、2023)などであった。コロナ問題が顕著となった最近の2年間は、研究会員に対するオンライン配信で行ってきた。2024年度はイスラームの社会とその理念をテーマとする研究会に加え、前回時代の宗教との関わりを扱う研究会も加える予定である。